سرلشگر محمدولی قرنی اولین رئیس ستاد مشترک ارتش پس از پیروزی انقلاب اسلامی در 3 اردیبهشت 1358 توسط گروهک فرقان ترور شد و به شهادت رسید. از جمله مهمترین اقدامات قرنی مقابله با تجزیهطلبی گروههای ضدانقلاب در کردستان بود. مخالفت دولت موقت با مواضع و اقدامات سرلشگر قرنی و فضایی که علیه او شکل گرفت، اولین رئیس ستاد مشترک ارتش را ناچار به استعفا کرد.
در اسفند 1336 سرلشکر محمد ولی قرنی و شماری دیگر به سبب اقداماتی که بعدها از آن با عنوان کودتا یاد شد، دستگیر و بعدها محاکمه شدند. در باب ماهیت این کودتا و اساسا جدی بودن آن روایتهای مختلفی در دست است. با این حال واکنش شاه به این ماجرا ماهیت حکومت و نیز کلا سیاست ایران را از اساس دگرگون کرد. امری که زمینه را برای روی کار آمدن دولت امینی در سالهای بعد فراهم کرد. به علاوه شاه دامنۀ روابط ساواک با سیا را محدود کرد و به جای آن گسترش روابط ساواک با موساد و دیگر سرویسهای اطلاعاتی غربی را در دستور کار قرار داد. این ماجرا همچنین زمینهساز بدبینی شاه به نیروهای امنیتی و برکناری تیمور بختیار، حاجعلی کیا و حسن علوی کیا شد. این بدبینی از سویی به شکلگیری بازرسی شاهنشاهی برای رصد تشکیلات امنیتی منجر شد.
سرلشکر محمدولی قرنی اولین رئیس ستاد مشترک ارتش پس از پیروزی انقلاب اسلامی که در مهار حوادث کردستان نقش مهمی ایفا کرده بود، در تاریخ ششم فروردین 1358 به دستور مهندس بازرگان، نخستوزیر دولت موقت، برکنار شد. در این زمان از سوی گروههای مختلف، قرنی به عنوان یکی از چهرههای نظامی حکومت شاه مطرح میشد که سوابقش با سیاهنمایی هر چه شدیدتر در بیانیهها و مطبوعات منعکس میگردید. مورد آشکار دیگر در ترور سرلشکر قرنی را میتوان در ادعای گروه فرقان مشاهده نمود. طرح اولین ترور فرقان از سوی اکبر گودرزی و محمد متحدی رئیس شاخهی نظامی، مطرح و در روز دوشنبه سوم اردیبهشت 1358، اجرایی شد.
یعقوب توکلی، جریانشناس و پژوهشگر حوزه تاریخ گفت: یکی از اعضای نهضت آزادی اقرار کرد، شبی که قرار بود در دفتر حزب جمهوری اسلامی بمب منفجر شود، یکی از اعضای سازمان مجاهدین خلق (منافقین) به آن شخص گفت: امشب ممکن است اتفاق مهمی بیفتد.
براساس شواهد موجود، تروریستها از چند روز قبل با اجاره اتاقی در هتل جم، درست مقابل خانه قرنی، رفت و آمد او را زیر نظر داشتند و سرانجام وقتی او در حیاط خانه بود، وی را ترور کردند.حدود ساعت 8:30 - 9 صبح بود، همین طور که داشتیم چای میخوردیم، در خانه را زدند. تا من بلند شدم که در را باز کنم، پسر بچهای که کمک نقاشها بود بیاختیار دوید و در را باز کرد. تا من به بیرون برسم، یکی از آن فرقانیها اسلحه کلاشینکوف را زیر گلویم گذاشت، کلتم را که کالیبر 45 داشت، از من گرفت و با ضربهای خشابش را بیرون پراند و خشاب را گوشه باغچه انداخت. کلتم را هم پرتاب کرد طرف دیگر حیاط. مهاجمین مرا هل دادند و به رویم رگبار بستند، من هم اشهدم را خواندم و به دیوار چسبیدم... بعد به داخل حیاط دویدند، دو تیر شلیک کردند، سوار موتور شدند و به سرعت از محل رفتند... بعد از اینکه ضاربین فرار کردند، من رفتم داخل حیاط و دیدم تیمسار گوشهای از حیاط افتاده، یک گلوله به ران پای چپ و یک گلوله هم به سمت راست شکمش اصابت کرده بود...